長い戦いも一段落し、正月気分で飛騨を懐かしむ青影。しかしその頃、飛騨の影部落には鎧怪獣グロンが現れていた。 魔風雷丸は魔風忍群を率いて影部落を襲撃し、飛騨一族は窮地に陥る。 そして赤影の元に仲間が危機を伝えてくるが、それは魔風忍者の小文字右兵だった。赤影は右兵を倒し、飛騨へと急ぐ。 その頃、飛騨の烈風斎は意を決し、陽炎に黄金の仮面を託して黒影・紅影を護衛につけて逃がす。 一方の赤影の前にはグロンが立ちふさがっていた。

グロンに太刀打ちできない赤影たちはなんとか逃げ出す。 ところがその間に魔風忍群は影屋敷に突入し、影烈風斎の元へたどり着く。 烈風斎は忍法を駆使して雷丸たちと戦うが、雷丸のだまし討ちによって倒されてしまう。 そして赤影たちが影部落にたどり着くが、時既に遅く影一族は全滅していた。 赤影たちは瀕死の仲間を見つけるが、それは雷丸の変装だった。雷丸はグロンを呼び寄せ赤影たちを襲う。

魔風忍群は陽炎たちの行方を探るべく影の里の村人たちを拷問にかけていた。それを助ける赤影。 一方黒影は一度里に戻り、その惨状を知る。そして陽炎の元に戻った黒影と入れ替わりに紅影が魔風の下忍に化けて赤影の元へと走る。 だが通信用の巻き貝から足がつき、猿彦に襲われる。そこへ赤影が現れ、猿彦は降参して仲間になる。 紅影から陽炎たちの居所を聞いた赤影たちは陽炎の元へと向かうが、猿彦と犬彦の能力によって既に魔風忍群は動き出しており、ギロズンが陽炎たちに迫る。

ギロズンによって、陽炎は拉致される。一足違いでやって来た赤影たちは二人を見たという老婆に導かれて道を進むが、そこで黒影の死体を発見する。 老婆は血汐将監だった。魔風の下忍とギロズンに襲われる赤影たち。紅影もギロズンにやられてしまう。 一方、雷丸は陽炎を拷問していたが、秘密を得ることはできない。 一旦魔風の元に戻っていた猿彦は魔風に捕まっていたふりをして赤影たちの元に戻り、陽炎の居場所を教える。 だがそこにはギロズンが待ち構えていた。

飛騨の山一帯を張り巡らす魔風の網。赤影と青影はなんとか逃げ延びるが、青影は毒針にやられて熱を出す。 青影を看病する赤影。だが水を汲みに行った際に敵に襲われてしまう。 やがて赤影は青影の元に戻り、白影・猿彦と合流する。赤影の提案で隠れ家を移る４人。 しかし青影は赤影が魔風の下忍と話しているのを目撃する。その赤影は闇の黒蔵の変装だったのだ。

猿彦のせいで居場所を知られた青影はガガラに襲われる。赤影たちは駆けつけるが、ガガラには全く攻撃が通用せず、青影はさらわれてしまう。 青影を盾にして陽炎を脅迫する雷丸。ついに陽炎は仮面の秘密は影の神像にあるとしゃべってしまう。 そして雷丸は口無水乃に青影を殺すよう命じるが、青影に自分の弟の面影を見た水乃は青影を逃がす。 一方影の神像に来た雷丸だが、実は陽炎は嘘を教えていたのだった。そこへ現れる赤影、黄金の仮面を取り返す。 しかし陽炎を救おうとしたところでガガラが現れる。

正体がばれたにもかかわらず、再び赤影たちの元に現れた猿彦。今度こそ赤影たちの味方になると言う。 そして猿彦は再び魔風の元に戻るが、雷丸は猿彦を疑う。そこで猿彦はにせの黄金の仮面を持ってきて陽炎の居場所を聞き出す。 だが雷丸はそれが偽物であると気付き、犬彦に仮面強奪を命じる。犬彦は青影から仮面を奪取する。 一方赤影と白影は陽炎を救いに行くが、それは罠でありザバミが襲ってくる。そこへ、青影がガガラと共に助けに来た。

雷丸は、陽炎を奪われたものの黄金の仮面を再び手にしたのを機に、飛騨を離れ魔風の里に帰ることを決める。 一方赤影たちは再び猿彦と遭遇、雷丸は魔風堂に行ったと告げる。だがそれは犬彦の変装だった。猿彦は裏切り者として半殺しの目にあっていた。 魔風堂に来た赤影と白影だが、犬彦が白影を人質に取ったことで赤影は手を出せなくなる。 しかしそこへ青影に救われた猿彦が登場。犬彦を刺し殺して自分も息絶える。そこで雷丸は一旦退くがザバミが襲ってくる。

息子鬼丸に忍術を教える引導坊。だが雷丸は鬼丸を人質に取り、引導坊に陽炎奪取を命じる。 しかし鬼丸は魔風の下忍達を蹴散らして逃げ出した。一方赤影は安全のため青影と陽炎を飛騨に返す。 ところが飛騨への帰途、鬼丸が襲ってくる。互いに術を駆使する青影と鬼丸。だが鬼丸が崖下に落ちそうになった時青影が助け、二人は友達になる。 一方赤影たちに引導坊が襲撃を加えていた。引導坊は赤影たちをだまして硫黄ガスの部屋に閉じ込めるが、そこへ青影たちがやってくる。

陽炎をばびらんに奪われてしまった赤影たちは伊豆の魔風部落を探す。そこで魔風から逃げ出した人足を見つけるが、現れたばびらんに食われてしまう。 魔風は村人たちをこき使って何かの工事をしていたのだ。手がかりを失った赤影たちだが、川に助けを求める扇子を見つけて辺りを探す内、倒れている娘を見つけ出す。 娘に導かれて赤影たちは奇妙な森にたどり着く。だが娘の正体は花粉道伯だった。まんまとばびらんの巣におびき寄せられてしまった赤影たち、ばびらんの攻撃を受ける。

魔風の本拠を探す赤影たちは、ようやく魔風から逃げ出してきた百姓を助け出し、その場所を知る。 しかし魔風の下忍たちの攻撃が激しいため、赤影たちは青影だけを残して正反対の方向に姿を消す。 青影は一人で下忍たちをだましていたが、嘘がばれて逃げ出す。そこへジジゴラが現れる。 一方の赤影たちは魔風の本拠にたどりつくが、それは罠だった。百姓の正体は不動金剛丸だった。

青影を捕らえた雷丸は、再び陽炎に黄金の仮面の秘密をしゃべるように迫る。 その陽炎の脳裏をこれまでの出来事がよぎっていく。 グロンの攻撃、影屋敷からの脱出、ギロズンの来襲、闇の黒蔵の襲撃、ガガラとの戦い。 ガガラとザバミの戦い、つかの間の青影との再開、ばびらんとの戦い、ジジゴラの襲撃。 そして雷丸は赤影をおびき出すため地獄谷に青影と陽炎を磔にする。

地獄谷にやって来た赤影と白影。だが青影と陽炎を盾に取られて手が出せない。 雷丸は陽炎から聞き出した金山からは何も出てこないと言い、本当の秘密をしゃべるように赤影に迫る。 だがその時陽炎たちの側に赤影が現れる。赤影と共にいた白影は人形で、白影が赤影に化けていたのだ。 二人を助ける赤影。そして白影の凧で全員逃げ出すことに成功する。
だが逃げる途中で青影が腹痛を訴える。そこでやむをえず全員野宿することに決める。 しかしその晩青影が起き上がり、黄金の仮面を奪って雷丸の元に行く。 実はそれは青影ではなく、でっかでっか東馬だった。赤影と白影は青影を尾行してきたが、本物の青影を盾に取られて捕まってしまう。 そこはジジゴラの口の中だったのだ。青影は眠っている五大怪獣に囲まれていた。
そこで青影は陽炎が練習していた呪文を見よう見まねで唱えてみる。すると黄金の仮面が巨大化して雷丸を下敷きにしてしまう。 やむをえず雷丸、赤影たちを助けるが、自分が助けられると態度を一変させ、五大怪獣とジジゴラを使って赤影たちを襲う。 ギロズンの毒ガスで動きを止められ、ガガラの炎が、ザバミの泡が赤影たちを襲う。
一方、眠っていた陽炎は青影たちの危機を察知して起き上がる。そこで陽炎は迷わず呪文を唱える。 すると黄金の仮面から強大なエネルギーが放たれ、次々と怪獣たちを一撃で倒していく。この強大なエネルギーこそが黄金の仮面の真の秘密だったのだ。 最後に倒れたジジゴラ、なんと雷丸の姿になって息絶える。魔風は滅んだ。
そして黄金の仮面を付けた赤影、赤い仮面を譲り受けた青影、白影、陽炎は飛騨へ帰る。 飛騨の里を再興するために。