ポルトガルからの船が何者かによってことごとく沈められていた。 そんなある日、信長は堺に赴き商人からぜうすの鐘というぎやまんの鐘を手に入れる。 しかしそこへ卍党を名乗る謎の忍者が襲来し、鐘を奪おうとする。だが赤影たちがかけつけ、応戦する。 赤影たちは一時は彼らを捕らえるが、海中から鉄の円盤が現れて彼らを救い出す。 卍党の目的は何か？赤影たちはぎやまんの鐘の秘密を探るため、卍党を追うのだった。

信長はぎやまんの鐘の秘密を知るため、ポルトガル人ジュリアンを呼び寄せた。 だが途中で白蝋鬼にさらわれてしまう。そこで不知火典馬を捕らえた赤影は典馬に化けて卍党に潜入する。 そして赤影は卍党の本拠でぎやまんの鐘に隠された謎を知る。 しかし典馬が白蝋鬼に救い出されてしまい赤影の正体がばれてしまう。 そこで赤影は卍党の頭領が甲賀幻妖斎であることを知るが、ジュリアンは結局卍党に捕らえられてしまう。

赤影たちは猩猩左近に襲撃される。なんとか撃退した赤影たちは、そこで別れて行動することにする。 赤影はまりあの鐘を求めて、白影は甲賀忍群の秘密を探るため甲賀の里へ、青影は竹中半兵衛の元へ。 甲賀の里に着いた白影は甲賀忍群の名を記した甲賀人別帳を探すが、むささび道軒に捕らわれる。 一方、幻妖斎と魔老女の罠によって赤影も捕らえられる。そこへ青影が駆けつける。

捕らわれた白影を救い出すべく、赤影と青影は甲賀の里に向かう。 うつぼ忍群は各街道で待ち構えるが裏をかかれ、赤影たちはまんまと甲賀屋敷に忍び込む。 しかしそこには魔老女が待ち構えており、忍法生き昇天で赤影を襲う。 なんとか白影を連れて甲賀屋敷を抜け出した赤影たちだが、魔老女の忍法が執拗に赤影たちを追いつめる。

卍党を追う赤影たちはうつぼ忍群の後をつけるが、謎の忍法のために見失ってしまう。 赤影たちは、卍党はまりあの鐘を求めて伊吹山にいると推測し、伊吹山を探る。 そこで赤影は卍党の拠点を見つけ、ジュリアンを救い出す。 だがそれは、まりあの鐘の行方を探るむささび道軒の罠だった。

卍党と赤影たちはまりあの鐘を持った娘を追って彦根に向かう。 そして黒道士が現れ赤影と一戦交えるが、完全に翻弄される。だが後から現れた白影は忍法つむじ傘に敗れ、怪我をする。 しかしそこへ通りかかった娘によって白影は救われ、娘は赤影への伝言を携えて彦根へ向かう。 娘に会った赤影は、その娘こそがまりあの鐘を持つ娘であることを知る。 だが娘の挙動を怪しんだ卍党の忍者に後をつけられていたため、ふたつの鐘を奪われてしまう。

さたんの鐘が鳴門海峡に沈んだ船の中にあることをしった赤影たちは、漁師に船を出すように頼むがことごとく断られる。 そんな中、一人の漁師が協力を申し出る。沖へ出て潜る白影。 だがそれは卍党の罠だった。水中で襲撃され捕まる白影、船上で典馬の攻撃を受け炎の中に消える赤影と青影。 そして白影が目覚めた場所は、卍党の本拠、巨大円盤大まんじの中だった。

なんとかぜうすの鐘を取り返した赤影たちだが渦潮に阻まれ探索が進まない。 そんなある日、ポルトガルの船が漂流してきたと聞いて３人は調査に向かう。 だがそこには魔老女が待ち構えていた。忍法死人操りで３人を襲う。 赤影はなんとか魔老女を退けるが、そこへ大まんじが現れて攻撃を加え、３人は海に消える。

さたんの鐘が四国のいかるが一族の元にあると知った赤影たちは船で四国に渡ろうとするが、大まんじに襲撃される。 だが赤影たちは生きて宿にたどり着く。そしてそこで左近に襲われつつも、偶然いかるがの里から来たという娘に出会う。 翌日、その娘を連れていかるがの里へと向かう赤影たち。だが卍党の下忍たちが次々と襲ってくる。 なんとか敵を退けた赤影たち。しかしそこで娘がその正体を現す。娘は猩猩左近だったのだ。

白影は魔老女が卍党から足抜けしようとして幻妖斎に捕らえられるのを目撃する。 赤影はそれを助けるが、白影は魔老女を信用しようとはしない。 魔老女はお礼にと幻妖斎がいかるが一族とさたんの鐘を取り引きする場所を教える。 そこへ向かい、現場を目撃する赤影たち。ここに至って白影もようやく魔老女を信用する。 そこで赤影はさたんの鐘を奪うべく中へ侵入する。だが、中には魔老女が待ち受けていた。

いかるがの里を探す赤影たち。だが水を探しに行った白影が卍党の襲撃を受ける。 駆けつけた赤影と青影が応戦するが、幻妖斎はぜうすの鐘を奪い大まんじを繰り出して攻撃。赤影は怪我をしてしまう。 赤影は一人の少女に助けられるが、その少女は兄と二人で住んでいた。赤影は彼らこそがいかるが一族の生き残りであることを知る。 そして少女は赤影に頼まれ白影たちを探しに行くが、むささび道軒の襲撃を受ける。 そこへ赤影が駆けつけるが、怪我のために苦戦する。

なんとかむささび道軒を退けた赤影たちは無事にさたんの鐘を手に入れるが、再びむささび道軒が襲来する。 そこへ白影と青影が現れ、３人はむささび道軒を倒す。しかしいかるがの娘は幻妖斎にさらわれていた。 娘を救うため対決の場に向かう３人。青影は白蝋鬼と、白影は黒道士と、赤影は幻妖斎と死闘を繰り広げる。 そして３人はかろうじて敵を撃退する。ついに３つの鐘が揃った。その時、鐘が共鳴し、不思議な絵柄が浮かび出た。

３つの鐘の秘密は竜牙島にあり、と知った赤影たち、竜牙島へ向かう。だが本当の竜牙島は海の底に沈んだという。 赤影たちはペトロの墓が島にあると知り、その墓を調べる。そこで墓の中に階段を見つける。 だがそこへ幻妖斎たちが襲撃する。そして卍党の総攻撃に白影は捕らわれ、赤影はなすすべもなく案内役をする羽目になる。
地下を進む赤影と幻妖斎は不思議な場所に迷い込む。反応する３つの鐘。そここそが真の竜牙島だった。 赤影が３つの鐘を投げつけた時、壁が崩れて不思議な村が現れる。そこでは数多くの人が楽しそうに暮らしていた。 中に入る赤影と幻妖斎。そこで彼らは死んだはずのペトロに会う。 幻妖斎はペトロに発明を渡すように強要するが、ペトロは首を振る。ペトロは平和のために自分の発明を地下で人工太陽を作ることに利用していた。 その時、大まんじが現れ、赤影たちと戦闘になる。だがペトロは戦いを嫌がり、卍党の元に行くことを決意する。
赤影たちの動きを封じ、浮上する大まんじ。流れ込んでくる海水。だが赤影たちはいかるがの少女からもらった珠のおかげで地上へと逃れる。 その時、海中で大爆発が起きる。白影が仕掛けた火薬が爆発したのだ。 赤影たちの目の前で幻妖斎も爆死する。かくしてまんじ党は滅びた。悲しい犠牲とともに。